Fundó y dirigió en 1902 la Banda del Estado Mayor del Ejército y tres años después la Banda del Cuerpo de Artillería, agrupaciones para las que escribió y arregló himnos como Huérfanos de la Patria, Himno para el Yara y La Independencia.
José Marín Varona participó en la campaña de mil ochocientos sesenta y ocho y, cuando la Guerra Necesaria, tuvo que emigrar a Cayo Hueso por sus actividades clandestinas; en el exilio ofreció funciones a favor de la causa independentista.
Falleció el diecisiete de septiembre de 1912, en La Habana, y en el sepelio la Banda de Infantería ejecutó su canción Acuérdate de mí.
Fértil compositor
El músico Eduardo Sánchez de Fuentes dijo que José Marín Varona en el género romántico y entre los compositores hispanoamericanos, ocupó puesto de honor, y destacó sus éxitos en la creación de cantos populares cubanos.
El camagüeyano abarcó múltiples géneros musicales y es reconocida El Brujo como la primera guajira cubana documentada y por Tropicales, danzas para piano, recibió medalla en la Exposición Universal de París de 1900.
Profesor del Conservatorio Municipal de La Habana, miembro de la Academia Nacional de Artes y Letras, creador de la revista Cuba Musical, también es autor del Tratado completo de Teoría Musical.
José Marín Varona estuvo el 24 de febrero de 1912 en la gala de develación de la estatua ecuestre de Ignacio Agramonte; allí, la Banda del Cuartel General de la República estrenó su obertura Al Mayor.